El hecho de que el estribo E-1 disponga de un esviaje (Oblicuidad de la superficie de un muro o del eje de una bóveda respecto al frente de la obra de que forman parte), unido al trazado en curva, hace que cada uno de los ejes de las celosías del tablero tenga una longitud diferente. La dificultad añadida de la localización del viaducto requirió en su diseño incorporar un canto resistente por encima de la cota de la plataforma para lograr que la estructura pasase sobre la calle Comercio con un gálibo mayor de 10,2 m y con una altura sobre la línea de cercanías C-5 de más de 6,3 m.

La sección transversal del viaducto tiene una anchura útil de 14,35 m y total de 17,35 m. La plataforma ferroviaria se materializa en un tablero de hormigón armado  de 14,35 m de ancho y 0,35 m de canto constante.

El proceso constructivo del viaducto se ha realizado de forma que afectara lo menos posible tanto al viario público como al tráfico ferroviario.

Con este objetivo la construcción de los estribos y pilas se efectuó en terrenos ferroviarios siempre con la mínima afección a las calles colindantes y a las líneas de ferrocarril. La estructura metálica del tablero del viaducto se montó previamente en una plataforma junto al estribo E-1 para posteriormente ser lanzado a su posición definitiva.  

El proceso constructivo, dada su complejidad, se dividió en 6 fases:actuaciones previas y excavaciones, ejecución de estribos y pilas, montaje de la estructura metálica en plataforma, lanzamiento de estructura, montaje “in situ” del último vano, y ejecución de la losa de tablero.

De todas ellas sobresale la encargada del lanzamiento de la estructura que tuvo que solventar una serie de dificultades como la geometría y trazado en planta de curvatura variable, hecho que motivo la realización de varios trazados  para en sucesivas fases ir lanzando la estructura hasta su posición final.                                                                                      

En resumen, los trabajos de instalación del viaducto han consistido en su desplazamiento desde la posición de premontaje de la estructura metálica, hasta su posición definitiva sobre la calle Comercio y la línea de ferrocarril, mediante gatos hidráulicos, patines y carriles de deslizamiento que han permitido su empuje, una maniobra compleja debido al radio de curvatura variable de la estructura.

Uno de los elementos esenciales que forman parte de la construcción del viaducto es la pila P-1. Esta pila sirve de apoyo a ambas celosías del viaducto, habiéndose diseñado con un doble fuste inclinado que se une mediante un tirante pretensado en su cota superior. La pila arranca en un pequeño plinto de 0,50 m sobre el encepado de cimentación, y tiene una altura de hasta cota de apoyos de 10, 31 m. Este diseño tiene su origen en la necesidad de limitar la zona de arranque de la pila para evitar invadir la zona de acera correspondiente a la calle Comercio, y en la necesidad de realizar el apoyo en dos puntos distantes 15,85 m. La pila se fabricó en hormigón blanco.  

Para la construcción de la pila P-1, en forma de “V”, se diseñó un encofrado a medida sobre una cimbra de apeo (En arquitectura, se llama apeo a cualquier elemento que apea o sostiene una estructura). La geometría singular y variable de cada uno de sus brazos hizo necesario que se debiera ejecutar en 3 fases de hormigonado, la primera para la base de arranque de los brazos, la segunda para los propios brazos, y una tercera para el tirante de hormigón pretensado que cosió sus puntas

La ejecución de este viaducto ha supuesto un gran reto técnico debido a las numerosas dificultades que se han tenido que solventar, como la falta de espacio, la localización, la geometría variable del trazado, y la simultaneidad de proyectos, ya que coincidieron en tiempo y espacio con la terminación de los trabajos de la ampliación de la estación de Puerta de Atocha y las obras de ripado (acción de desplazar la vía lateralmente) de las vías de las líneas de Cercanías C-3 (Aranjuez-El Escorial) y C-4 (Parla-Alcobendas/San Sebastián de los Reyes). Estos condicionantes han hecho más compleja su construcción al no poder realizarse por los métodos y formas habituales.